มูลนิธิโรงพยาบาลสมเด็จพระนางเจ้าสิริกิติ์ กองทัพเรือ ในพระบรมราชินูปถัมภ์ ได้รับการจดทะเบียนเมื่อวันที่ 14 ธันวาคม 2536 ทะเบียนลำดับที่ กท 223 ณ ที่ทำการศาลาว่าการกรุงเทพมหานคร มีทุนจดทะเบียนจัดตั้ง จำนวน 2,333,530 บาท โดยมีที่ตั้งสำนักงานแห่งแรกอยู่ที่ เลขที่ 504 แขวงบุคคโล เขตธนบุรี กรุงเทพมหานคร ผู้ยื่นเรื่องราวขออนุญาตจดทะเบียน จัดตั้งมูลนิธิฯ คือ พลเรือเอก วิเชษฐ การุณยวนิช  ปัจจุบันได้เปลี่ยนที่ตั้งสำนักงานใหม่เป็น เลขที่ 163 หมู่ 1 ถนนสุขุมวิท ตำบลพลูหลวง อำเภอสัตหีบ จังหวัดชลบุรี

มูลนิธิโรงพยาบาลสมเด็จพระนางเจ้าสิริกิติ์ กองทัพเรือ ในพระบรมราชินูปถัมภ์ ได้รับการประกาศให้เป็นองค์กรสาธารณกุศล ลำดับที่ 701 เมื่อวันที่ 27 มกราคม พ.ศ.2553 ตามประกาศกระทรวงการคลัง ว่าด้วยภาษีเงินได้และภาษีมูลค่าเพิ่ม (ฉบับที่ 417)

และตามประกาศสำนักนายกรัฐมนตรี เมื่อวันที่ 5 ตุลาคม พ.ศ.2561 เรื่อง กำหนดชื่อนิติบุคคลตามพระราชกฤษฎีกาว่าด้วยการขอพระราชทานเครื่องราชอิสริยาภรณ์อันเป็นที่สรรเสริญยิ่งดิเรกคุณาภรณ์ พ.ศ.2538 และที่แก้ไขเพิ่มเติม ให้มูลนิธิโรงพยาบาลสมเด็จพระนางเจ้าสิริกิติ์ กองทัพเรือ ในพระบรมราชินูปถัมภ์ เป็นนิติบุคคลที่ส่วนราชการจะมีหนังสือรับรองแสดงผลงานของผู้กระทำความดีความชอบต่อนิติบุคคลและเป็นนิติบุคคลที่ดำเนินการออกหนังสือรับรองแสดงรายการบริจาคทรัพย์สินให้แก่บุคคลที่บริจาคทรัพย์สินให้แก่นิติบุคคลตามแบบหนังสือรับรองที่สำนักนายกรัฐมนตรีกำหนด เพื่อประกอบการเสนอขอพระราชทานเครื่องราชอิสริยาภรณ์อันเป็นที่สรรเสริญยิ่งดิเรกคุณาภรณ์ได้